Στις ασιατικές υποχωρήσεις απάντησαν οι ιεραπόστολοι με ένταση της προσηλυτιστικής δράσης τους. Το έτος 1622 ίδρυσε ο Πάπας τη λεγόμενη «Sacra Congregatio de Propaganda Fide» (Ιερά Σύναξη για τη Διάδοση της Πίστης ή απλά «Προπαγάνδα»). Πρόκειται για έναν άρτιο μηχανισμό εκπαιδεύσεως στελεχών του προσηλυτισμού. Στην Κίνα, ωστόσο, νέος νόμος κατά του χριστιανισμού επέβαλε την απέλαση όλων των ξένων προσηλυτιστών που είχαν εισέλθει ξανά και εγκατασταθεί στη χώρα, μετά τα χαλαρά μέτρα εναντίον τους του έτους 1616. Οι εκχριστιανισμένοι Κινέζοι είχαν φθάσει σε 7 επαρχίες της Κίνας τους 13.000, ενώ στην Ιαπωνία καίγονται στην πυρά οι προσηλυτιστές Sniga (Σνίγκα) και Flores (Φλόρες) που επεχείρησαν να εισέλθουν στη χώρα μεταμφιεσμένοι ως έμποροι. Αποκεφαλίσθηκαν επίσης τα 12 μέλη πληρώματος του πλοίου που τους μετέφερε, ενώ ο Σογκούν Χιντετάντα διέταξε ως αντίποινα την εκτέλεση 50 περίπου φυλακισμένων χριστιανών στο Ναγκασάκι και την Suzuta (Σουζούτα).
Το επόμενο έτος, ο Σογκούν Iyemitsu (Ιγιεμίτσου), διάδοχος του Χιντετάντα, εξάρθρωσε πολλούς παράνομους μηχανισμούς των χριστιανών και οι Ιησουίτες προσηλυτιστές Angelis (Αντζέλις) και Mondo Hara (Χάρα) θανατώθηκαν μαζί με περίπου είκοσι οπαδούς τους. Δέκα έτη αργότερα, το 1633, ο Ιγιεμίτσου εξέδωσε νόμο με τον οποίο απαγορεύτηκαν τα ταξίδια των Ιαπώνων στο εξωτερικό, όπως και η ανάγνωση ξένων βιβλίων, για να αποφευχθεί η «μόλυνση» του ιαπωνικού έθνους από τα «καταστροφικά χριστιανικά ήθη». Ο πόλεμος κατά των ξένων ιεραποστόλων είχε πάρει πλέον άγριες μορφές, δεδομένου ότι πίσω από τους «αγνούς» προσηλυτιστές καραδοκούσαν στρατιωτικοί επιδρομείς και έμποροι υφασμάτων, μπαχαρικών και ναρκωτικών ουσιών, αλλά και δουλέμποροι.
Το έτος 1637, με αφορμή τη βαριά φορολογία του τοπικού κυβερνήτη της πόλης Arima (Αρίμα), η οποία από το 1583 αποτελούσε κέντρο της χριστιανικής δράσης, κατόρθωσαν οι μυστικές οργανώσεις των χριστιανών, αξιοποιώντας τώρα τη λαϊκή δυσφορία, να εξεγείρουν τον πληθυσμό της περιοχής. Μεγάλος αριθμός από επαναβαπτισμένους χριστιανούς που είχαν «αποστατήσει», και τους οποίους οι προσηλυτιστές είχαν «συγχωρήσει» για το «θανάσιμο αμάρτημα» της αποστασίας, πήραν μέρος σε επανάσταση με ωμότητες και μεγάλες καταστροφές σε κτήρια και μνημεία. Αυτή η εξέγερση που εξελίχθηκε υπό το λάβαρο με χριστιανικά σύμβολα (Άγιο Δισκοπότηρο) έμεινε στην Ιστορία της Ιαπωνίας ως «Επανάσταση Shimabara» (Σιμαμπάρα). Για την καταστολή της απαιτήθηκε περίπου ένα έτος και οι τελευταίοι απελπισμένοι οπαδοί της κλείστηκαν σε έναν, εκείνη την εποχή, εγκαταλελειμμένο πύργο, όπου εξοντώθηκαν μέχρις ενός μετά από πολιορκία περίπου ενός μηνός. Οι διαπραχθείσες από τους επαναστάτες ωμότητες, προκάλεσαν νέους σκληρούς διωγμούς σ’ όλη την Ιαπωνία κατά των χριστιανών ή των «εχθρών του ανθρώπινου πολιτισμού», όπως τους αποκαλούσαν οι Ιάπωνες, ενώ ταυτόχρονα ιδρύθηκαν ειδικά αστυνομικά σώματα για τον εντοπισμό και την εξάρθρωση των παράνομων μηχανισμών των προσηλυτιστών.
Ένας εκ των Ιησουιτών, με χριστιανικό όνoμα Christovao Ferreira (Φερρέϊρα, 1580-1650), όχι απλώς αποστάτησε, αλλά επιπροσθέτως άρχισε να πρωτοστατεί στον διωγμό των πρώην ομοθρήσκων του και συνέγραψε έκτοτε ολόκληρη σειρά βιβλίων, στα οποία κατέρριπτε τις χριστιανικές μυθοπλασίες και αποκάλυπτε τους πραγματικούς σκοπούς των επιδρομέων που ήταν, με πρόσχημα τη θρησκεία, η «καταστροφή του ιαπωνικού έθνους, η υποδούλωση των ανθρώπων του και η δημιουργία αποικιών στην Ιαπωνία», όπως είχε συμβεί και σε άλλες χώρες εξ άλλου. Πέρα από αυτά, ο Φερέιρα κατέδειξε με θεολογική επιχειρηματολογία το ασυμβίβαστο της θρησκείας από τη μεσανατολική έρημο με τις παραδοσιακές θρησκείες της ανατολικής Ασίας.
Από το έτος αυτό άρχισε το λεγόμενο «Sakoku» (σακόκου), η απομόνωση δηλαδή της Ιαπωνίας από όλο τον υπόλοιπο κόσμο, καθώς απαγορεύθηκε επί ποινή θανάτου πλέον στους Ιάπωνες να ταξιδεύουν σε άλλες χώρες, και παράλληλα διακόπηκε κάθε εμπορική συναλλαγή, όχι μόνον με τους Ευρωπαίους, αλλά και με την εκχριστιανισμένη ισπανική αποικία των Φιλιππίνων που θεωρείτο πηγή πολιτισμικής μολύνσεως. Ο Σογκούν Ιγιεμίτσου παρίστατο αυτοπροσώπως σε όλες τις δίκες των ανατρεπτικών, ενώ όλοι οι ύποπτοι υποχρεώνονταν να τσαλαπατήσουν εικόνες, σταυρούς και ομοιώματα του Εσταυρωμένου, το λεγόμενο «fumie» (φουμιέ), για να αποδειχτεί η αθωότητά τους. Είναι γνωστό δε ότι ακόμη και στα μέσα του 19ου αιώνα οι κάτοικοι του Ναγκασάκι, της πόλης που είχε φιλοξενήσει το αρχηγείο των προσηλυτιστών, έπρεπε μια φορά κάθε χρόνο να αποδεικνύουν με το «φουμιέ» ότι δεν έχουν μολυνθεί από την «καταστροφική ξένη θρησκεία».
Στα περίπου 250 χρόνια της αυτοαπομόνωσης από κάθε ξένη επιρροή αναπτύχθηκε η Ιαπωνία ειρηνικά, παρά τις σκληρές φεουδαρχικές συνθήκες που επικρατούσαν στη χώρα. Παράλληλα αναπτύχθηκαν τέχνες και γράμματα και γενικότερα ένας εντυπωσιακός πολιτισμός. Με αυτή την ευκαιρία είναι ενδιαφέρον να αναφερθεί ότι ο όρος «απομόνωση» προέρχεται από τον γερμανό γιατρό Engelbert Kaempfer (Καίμπφερ, 1651-1716), ο οποίος έζησε στο Ναγκασάκι για κάποιο χρονικό διάστημα και περιέγραψε σε βιβλίο του με τίτλο «Ιστορία και περιγραφή της Ιαπωνίας», που εκδόθηκε μετά θάνατον στα χρόνια 1777-1779, πόσο ειρηνικά και πολιτισμένα ζούσε ο ιαπωνικός λαός χωρίς καμιά επαφή με την ευρωπαϊκή Δύση ή εξάρτηση απ’ αυτήν. Ο Καίμπφερ είχε υπόψη του την κατεστραμμένη Ευρώπη του τριακονταετούς πολέμου, και η σύγκριση είχε προφανή κατάληξη. Αυτόν ακριβώς τον όρο της απομόνωσης μετέφεραν το έτος 1801 οι Ιάπωνες ως «σακόκου» στην Ιστορία τους.
