Στις ασιατικές υποχωρήσεις απάντησαν οι ιεραπόστολοι με ένταση της προσηλυτιστικής δράσης τους. Το έτος 1622 ίδρυσε ο Πάπας τη λεγόμενη «Sacra Congregatio de Propaganda Fide» (Ιερά Σύναξη για τη Διάδοση της Πίστης ή απλά «Προπαγάνδα»). Πρόκειται για έναν άρτιο μηχανισμό εκπαιδεύσεως στελεχών του προσηλυτισμού. Στην Κίνα, ωστόσο, νέος νόμος κατά του χριστιανισμού επέβαλε την απέλαση όλων των ξένων προσηλυτιστών που είχαν εισέλθει ξανά και εγκατασταθεί στη χώρα, μετά τα χαλαρά μέτρα εναντίον τους του έτους 1616. Οι εκχριστιανισμένοι Κινέζοι είχαν φθάσει σε 7 επαρχίες της Κίνας τους 13.000, ενώ στην Ιαπωνία καίγονται στην πυρά οι προσηλυτιστές Sniga (Σνίγκα) και Flores (Φλόρες) που επεχείρησαν να εισέλθουν στη χώρα μεταμφιεσμένοι ως έμποροι. Αποκεφαλίσθηκαν επίσης τα 12 μέλη πληρώματος του πλοίου που τους μετέφερε, ενώ ο Σογκούν Χιντετάντα διέταξε ως αντίποινα την εκτέλεση 50 περίπου φυλακισμένων χριστιανών στο Ναγκασάκι και την Suzuta (Σουζούτα).

Το επόμενο έτος, ο Σογκούν Iyemitsu (Ιγιεμίτσου), διάδοχος του Χιντετάντα, εξάρθρωσε πολλούς παράνομους μηχανισμούς των χριστιανών και οι Ιησουίτες προσηλυτιστές Angelis (Αντζέλις) και Mondo Hara (Χάρα) θανατώθηκαν μαζί με περίπου είκοσι οπαδούς τους. Δέκα έτη αργότερα, το 1633, ο Ιγιεμίτσου εξέδωσε νόμο με τον οποίο απαγορεύτηκαν τα ταξίδια των Ιαπώνων στο εξωτερικό, όπως και η ανάγνωση ξένων βιβλίων, για να αποφευχθεί η «μόλυνση» του ιαπωνικού έθνους από τα «καταστροφικά χριστιανικά ήθη». Ο πόλεμος κατά των ξένων ιεραποστόλων είχε πάρει πλέον άγριες μορφές, δεδομένου ότι πίσω από τους «αγνούς» προσηλυτιστές καραδοκούσαν στρατιωτικοί επιδρομείς και έμποροι υφασμάτων, μπαχαρικών και ναρκωτικών ουσιών, αλλά και δουλέμποροι.

Το έτος 1637, με αφορμή τη βαριά φορολογία του τοπικού κυβερνήτη της πόλης Arima (Αρίμα), η οποία από το 1583 αποτελούσε κέντρο της χριστιανικής δράσης, κατόρθωσαν οι μυστικές οργανώσεις των χριστιανών, αξιοποιώντας τώρα τη λαϊκή δυσφορία, να εξεγείρουν τον πληθυσμό της περιοχής. Μεγάλος αριθμός από επαναβαπτισμένους χριστιανούς που είχαν «αποστατήσει», και τους οποίους οι προσηλυτιστές είχαν «συγχωρήσει» για το «θανάσιμο αμάρτημα» της αποστασίας, πήραν μέρος σε επανάσταση με ωμότητες και μεγάλες καταστροφές σε κτήρια και μνημεία. Αυτή η εξέγερση που εξελίχθηκε υπό το λάβαρο με χριστιανικά σύμβολα (Άγιο Δισκοπότηρο) έμεινε στην Ιστορία της Ιαπωνίας ως «Επανάσταση Shimabara» (Σιμαμπάρα). Για την καταστολή της απαιτήθηκε περίπου ένα έτος και οι τελευταίοι απελπισμένοι οπαδοί της κλείστηκαν σε έναν, εκείνη την εποχή, εγκαταλελειμμένο πύργο, όπου εξοντώθηκαν μέχρις ενός μετά από πολιορκία περίπου ενός μηνός. Οι διαπραχθείσες από τους επαναστάτες ωμότητες, προκάλεσαν νέους σκληρούς διωγμούς σ’ όλη την Ιαπωνία κατά των χριστιανών ή των «εχθρών του ανθρώπινου πολιτισμού», όπως τους αποκαλούσαν οι Ιάπωνες, ενώ ταυτόχρονα ιδρύθηκαν ειδικά αστυνομικά σώματα για τον εντοπισμό και την εξάρθρωση των παράνομων μηχανισμών των προσηλυτιστών.

Ένας εκ των Ιησουιτών, με χριστιανικό όνoμα Christovao Ferreira (Φερρέϊρα, 1580-1650), όχι απλώς αποστάτησε, αλλά επιπροσθέτως άρχισε να πρωτοστατεί στον διωγμό των πρώην ομοθρήσκων του και συνέγραψε έκτοτε ολόκληρη σειρά βιβλίων, στα οποία κατέρριπτε τις χριστιανικές μυθοπλασίες και αποκάλυπτε τους πραγματικούς σκοπούς των επιδρομέων που ήταν, με πρόσχημα τη θρησκεία, η «καταστροφή του ιαπωνικού έθνους, η υποδούλωση των ανθρώπων του και η δημιουργία αποικιών στην Ιαπωνία», όπως είχε συμβεί και σε άλλες χώρες εξ άλλου. Πέρα από αυτά, ο Φερέιρα κατέδειξε με θεολογική επιχειρηματολογία το ασυμβίβαστο της θρησκείας από τη μεσανατολική έρημο με τις παραδοσιακές θρησκείες της ανατολικής Ασίας.

Από το έτος αυτό άρχισε το λεγόμενο «Sakoku» (σακόκου), η απομόνωση δηλαδή της Ιαπωνίας από όλο τον υπόλοιπο κόσμο, καθώς απαγορεύθηκε επί ποινή θανάτου πλέον στους Ιάπωνες να ταξιδεύουν σε άλλες χώρες, και παράλληλα διακόπηκε κάθε εμπορική συναλλαγή, όχι μόνον με τους Ευρωπαίους, αλλά και με την εκχριστιανισμένη ισπανική αποικία των Φιλιππίνων που θεωρείτο πηγή πολιτισμικής μολύνσεως. Ο Σογκούν Ιγιεμίτσου παρίστατο αυτοπροσώπως σε όλες τις δίκες των ανατρεπτικών, ενώ όλοι οι ύποπτοι υποχρεώνονταν να τσαλαπατήσουν εικόνες, σταυρούς και ομοιώματα του Εσταυρωμένου, το λεγόμενο «fumie» (φουμιέ), για να αποδειχτεί η αθωότητά τους. Είναι γνωστό δε ότι ακόμη και στα μέσα του 19ου αιώνα οι κάτοικοι του Ναγκασάκι, της πόλης που είχε φιλοξενήσει το αρχηγείο των προσηλυτιστών, έπρεπε μια φορά κάθε χρόνο να αποδεικνύουν με το «φουμιέ» ότι δεν έχουν μολυνθεί από την «καταστροφική ξένη θρησκεία».

Στα περίπου 250 χρόνια της αυτοαπομόνωσης από κάθε ξένη επιρροή αναπτύχθηκε η Ιαπωνία ειρηνικά, παρά τις σκληρές φεουδαρχικές συνθήκες που επικρατούσαν στη χώρα. Παράλληλα αναπτύχθηκαν τέχνες και γράμματα και γενικότερα ένας εντυπωσιακός πολιτισμός. Με αυτή την ευκαιρία είναι ενδιαφέρον να αναφερθεί ότι ο όρος «απομόνωση» προέρχεται από τον γερμανό γιατρό Engelbert Kaempfer (Καίμπφερ, 1651-1716), ο οποίος έζησε στο Ναγκασάκι για κάποιο χρονικό διάστημα και περιέγραψε σε βιβλίο του με τίτλο «Ιστορία και περιγραφή της Ιαπωνίας», που εκδόθηκε μετά θάνατον στα χρόνια 1777-1779, πόσο ειρηνικά και πολιτισμένα ζούσε ο ιαπωνικός λαός χωρίς καμιά επαφή με την ευρωπαϊκή Δύση ή εξάρτηση απ’ αυτήν. Ο Καίμπφερ είχε υπόψη του την κατεστραμμένη Ευρώπη του τριακονταετούς πολέμου, και η σύγκριση είχε προφανή κατάληξη. Αυτόν ακριβώς τον όρο της απομόνωσης μετέφεραν το έτος 1801 οι Ιάπωνες ως «σακόκου» στην Ιστορία τους.

Οι απαντήσεις του Κοέλιο δεν πρέπει να ήταν επαρκείς, οπότε ο κυβερνήτης εξέδωσε τον Ιούλιο του ίδιου έτους έναν νόμο κατά της «ξένης θρησκείας». Με αυτόν το νόμο ανακηρύχθηκε η Ιαπωνία χώρα αγαπητή στους Θεούς («γινκόκου»), η οποία δεν ήταν δυνατόν να ανέχεται όσους καθύβριζαν και συκοφαντούσαν την εθνική θρησκεία των Ιαπώνων ως «ειδωλολατρική». Οι ιεραπόστολοι διατάχθηκαν να εγκαταλείψουν τη χώρα εντός 20 ημερών και ταυτόχρονα απαγορεύθηκε η άφιξη νέων Πορτογάλων εμπόρων, εφόσον συνοδεύονταν από κληρικούς. Συγκεκριμένα το διάταγμα προέβλεπε, όπως κατέγραψε ο Ιησουίτης Φρόις, στου οποίου τα ωραιοποιημένα προς την ιεραποστολή γραπτά στηρίζονται έκτοτε όλοι οι Ιστορικοί:

Η Ιαπωνία είναι χώρα σιντοϊστικών θεοτήτων («κάμι») και κάκιστα έρχονται εδώ χριστιανοί ιεραπόστολοι,
Η καταστροφή σιντοϊστικών και βουδιστικών ναών είναι πράγμα ανήκουστο και οι δράστες αξίζουν κάθε τιμωρία,
Οι ιεραπόστολοι δεν επιτρέπεται να παραμείνουν στο ιαπωνικό έδαφος και πρέπει να αποχωρήσουν μέσα σε 20 ημέρες,
Οι Πορτογάλοι έμποροι μπορούν να συνεχίσουν ανενόχλητοι τις δοσοληψίες τους.

Είναι προφανές ότι τα αίτια της ρήξης ήταν αμιγώς εθνικά και θρησκευτικά και δεν υπήρχαν εμπορικές υστεροβουλίες, όπως διέδιδαν αργότερα οι Ιησουίτες και αναφέρεται μέχρι των ημερών μας σε διάφορα βιβλία.

Ο Κοέλιο αντέδρασε με τον τρόπο που συνηθίζουν οι κατακτητές: ξεσήκωσε τους βαφτισμένους Ιάπωνες εναντίον της εξουσίας, έκανε δηλαδή αυτό ακριβώς που κατηγορούσε τους χριστιανούς ο Χιντεγιόσι και ταυτόχρονα ζήτησε στρατιωτική βοήθεια από τους αποικιακούς στρατούς στις Φιλιππίνες, την Γκόα και το Μακάο. Και οι δύο αυτές ενέργειες δεν οδήγησαν όμως σε στρατιωτική επιβολή του χριστιανισμού, όπως ήλπιζε ο Κοέλιο! Ωστόσο, ο Ιάπωνας κυβερνήτης δεν επέμενε πολύ στην αυστηρή εφαρμογή του νόμου, ανεχόμενος συνεχείς παρατάσεις ως προς την ημερομηνία που όφειλαν οι ιεραπόστολοι να εγκαταλείψουν τη χώρα, πράγμα που σήμαινε ουσιαστικά ακύρωση του νόμου. Μια εξήγηση γι’ αυτή την ήπια στάση του έχει να κάνει με τον κίνδυνο διχασμού του λαού και τις αναπόφευκτες εκδικητικές διώξεις ενάντια στη χριστιανική μειοψηφία των χριστιανών.

Αυτή η ήπια στάση του Χιντεγιόσι είχε όμως ως αποτέλεσμα να δεχθεί η Ιαπωνία σύντομα ένα νέο κύμα προσηλυτιστών, αυτήν τη φορά Δομινικανών και Φραγκισκανών, οι οποίοι θεώρησαν ότι το πεδίο ήταν ελεύθερο για τις δραστηριότητές τους. Σημειωτέον ότι στους διαβόητους Δομινικανούς μοναχούς είχε ανατεθεί στην Ευρώπη και αλλού η συγκρότηση της «Ιεράς Εξέτασης» και το εγκληματικό «κυνήγι των μαγισσών», που κόστισε τη ζωή σε εκατοντάδες χιλιάδες αθώους ανθρώπους.

Για μία περίπου δεκαετία, με ανενεργό τον νόμο του Χιντεγιόσι, οι ιεραπόστολοι έδρασαν στην «γινκόκου» Ιαπωνία ουσιαστικά ελεύθερα. Εκείνη ακριβώς την εποχή άλλωστε οι χριστιανοί αλώνουν και την Κίνα και παράλληλα εντατικοποιούν το αφρικανικό δουλεμπόριο. Ενώ οι Πορτογάλοι καταλύουν με τη βία των όπλων το βασίλειο της Jaffna και αρχίζουν συστηματική καταστροφή των ινδουιστικών ιερών και μωαμεθανικών τεμενών, καθώς και κατασχέσεις περιουσιών, τις οποίες ακολούθως αποδίδουν στους Φραγκισκανούς μοναχούς. Παράλληλα έγιναν στην Καντόνα της Κίνας σφαγές βουδιστών ιερέων και υποχρεωτικές μαζικές βαπτίσεις του πληθυσμού — ολόκληρα χωριά βαπτίζονταν μέσα σε λίγες ώρες υπό την απειλή των πορτογαλικών όπλων. Ο κληρικός Matteo Ricci (Ρίτσι, 1552-1610) προσπαθεί να πετύχει εισοδισμό στην κινέζικη κοινωνία. Οι Ιησουίτες συνεργάτες του παρουσιάζονται στους εκεί αξιωματούχους ως εξωτικοί μαθηματικοί και αστρονόμοι και κερδίζουν την εμπιστοσύνη τους, ο δε Ρίτσι περιφέρεται αρχικά ντυμένος ως βουδιστής μοναχός και, αργότερα, όταν αντιλαμβάνεται ότι οι βουδιστές μοναχοί δεν απολαμβάνουν ιδιαίτερα προνόμια, ως κομφουκιανός διδάσκαλος.

Η πληροφόρηση που απέκτησε σταδιακά ο Χιντεγιόσι για τους στόχους και το παρελθόν του χριστιανισμού ως θρησκεία και ως εξουσία σηματοδότησε το τέλος του προσηλυτισμού το έτος 1596. Ο Χιντεγιόσι, που από το 1590 είχε ενώσει υπό την εξουσία του όλη την Ιαπωνία, διέταξε τώρα την αυστηρή εφαρμογή του νόμου από το έτος 1587. Αφορμή στάθηκε ένα τυχαίο επεισόδιο με το εμπορικό πλοίο San Felippe, το οποίο μετέφερε προϊόντα από τις Φιλιππίνες στο Μεξικό. Ένας τυφώνας έριξε όμως το πλοίο στις ιαπωνικές ακτές και οι Ιάπωνες αμφιταλαντεύονταν μεταξύ κατάσχεσης του πλοίου και προσφοράς βοήθειας στους Ισπανούς ναυτικούς. Πάνω εκεί έβγαλε ο καπετάνιος του πλοίου Francisco de Ollandia (ντε Ολάντια) έναν εκφοβιστικό λόγο στους Ιάπωνες, αναφέροντας ότι ο πολύ ισχυρός βασιλιάς της Ισπανίας στέλνει μεν αρχικά ιεραποστόλους, αλλά πίσω τους ακολουθούν πάντα στρατιωτικοί, οι οποίοι και θα τιμωρήσουν οποιαδήποτε εχθρική ενέργεια των Ιαπώνων προς το πλήρωμα του πλοίου. Και για να τεκμηριώσει τις απειλές του, ανέφερε ο ντε Ολάντια τα παραδείγματα της κεντρικής και νότιας Αμερικής, των Φιλιππίνων κ.ά.

Ο πλοίαρχος, του οποίου η μοίρα έμεινε έκτοτε στο σκοτάδι, επιβεβαίωνε αυτά που κυκλοφορούσαν από ετών στην ιαπωνική κοινωνία για τους απώτερους στόχους των ιεραποστόλων. Η αντίδραση της ιαπωνικής εξουσίας ήταν λοιπόν ακαριαία! Είκοσι έξι πρωτεργάτες των χριστιανικών ιεραποστολών συνελήφθησαν, καταδικάσθηκαν σε θάνατο και σταυρώθηκαν δημόσια στο Ναγκασάκι, ενώ διατάχθηκε επίσης η άμεση απέλαση όλων των προσηλυτιστών και το γκρέμισμα των εκκλησιών που είχαν δημιουργήσει. Απαγορεύθηκε δε στους κρατικούς αξιωματούχους να ασπάζονται την «ξένη θρησκεία».

Ο Χιντεγιόσι πέθανε το έτος 1598 και για τη διαδοχή του ακολούθησε μία μικρή περίοδος αναρχίας, στη διάρκεια της οποίας η αντίσταση στον εκχριστιανισμό σταματά εντελώς και οι ιεραπόστολοι βρίσκουν ευκαιρία να αναπτύξουν ξανά τις δραστηριότητές τους. Εκείνη ακριβώς την εποχή θανατώνει η «Ιερά Εξέταση» στην Ινδία περισσότερα από 5.000 άτομα, ενώ στην Άπω Ανατολή καίγονται αμέτρητα τεμένη και δολοφονούνται συστηματικά οι ιερείς των εθνικών θρησκειών.

Στον αγώνα για κατάκτηση της εξουσίας της Ιαπωνίας επικράτησε ως Σογκούν με πρωτεύουσά του το Edo ή Yedo (Έντο, Γιέντο) ο Tokugawa Iyeyasu (Τοκουγιάβα Ιγεγιάσου), του οποίου το γένος (Τοκουγιάβα) θα κυβερνήσει την «Αυτοκρατορία του Ήλιου» περί τα 260 χρόνια, έως το έτος 1867. Ο νέος ηγεμόνας καθοδηγήθηκε στην πολιτική του από τον παραδοσιακό ηθικό κώδικα τιμής και συμπεριφοράς του Bushido (Μπουσίντο, «Ο Τρόπος του Πολεμιστή») και των πολεμιστών Samurai (Σαμουράι). Στα πρώτα έτη της εξουσίας του κήρυξε ο Ιγεγιάσου τον αυτοκράτορα (μικάδο) «απόγονο των Θεών», αθέατο έκτοτε στα ανάκτορά του στο Κιότο, και έδειξε ανοχή προς τους Ιησουίτες που άρχισαν να εισέρχονται πάλι στη χώρα, με αποτέλεσμα να προσχωρήσουν στον χριστιανισμό σε μερικά χρόνια δεκάδες χιλιάδες Ιάπωνες.

Στις αρχές της δεκαετίας του 1600 κτίσθηκαν εκατοντάδες χριστιανικές εκκλησίες, πολύ συχνά με οικονομική βοήθεια από τον ίδιο τον Σογκούν, ακόμη και στην πρωτεύουσα Έντο, το μετέπειτα ονομαζόμενο Τόκιο, και ιδρύθηκαν δεκάδες κτήρια για ιεραποστολές, όχι μόνον από τους Ιησουίτες, αλλά και από Αυγουστινιανούς, Φραγκισκανούς και Δομινικανούς, στο δε Ναγκασάκι η συντριπτική πλειοψηφία των κατοίκων ήσαν πλέον βαπτισμένοι χριστιανοί. Χριστιανικά βιβλία άρχισαν να εκδίδονται στην ιαπωνική γλώσσα, ενώ ιδρύθηκαν αρκετά χριστιανικά σχολεία με σκοπό να δημιουργήσουν αντίβαρο στη βουδιστική παιδεία, καθώς και ειδικά κέντρα εκπαιδεύσεως Ιαπώνων προσηλυτιστών στη Μανίλα των Φιλιππίνων. Εντός μόνον δύο ετών, από το 1603 έως το 1605, υπερτετραπλασιάστηκαν οι χριστιανοί της Ιαπωνίας.

Το 1612, έχοντας ήδη επαρκή αριθμό πιστών για ένα τέτοιο εγχείρημα, προσπάθησαν οι χριστιανοί να ανατρέψουν τον Ιγεγιάσου και να κάνουν ανοικτές επιθέσεις κατά των εθνικών παραδόσεων της χώρας. Ο Ιγεγιάσου, αντιλαμβανόμενος πλέον το σφάλμα της ανοχής του απέναντι στους ιεραποστόλους που απέβλεπαν ουσιαστικά στην καταστροφή του ιαπωνικού πολιτισμού, αρχίζει απηνή διωγμό εναντίον τους. Οι προσηλυτιστές συνελήφθησαν και, όσοι δεν εκτελέστηκαν, απελάθηκαν, απαγορεύθηκε το εμπόριο με χριστιανικές χώρες, ισοπεδώθηκαν όλες οι χριστιανικές εκκλησίες, και η ιδιότητα του χριστιανού εξισώθηκε πλέον με προδοσία κατά της χώρας. Όπως είναι αναμενόμενο σε τέτοιες περιπτώσεις, οι βαπτισμένοι Ιάπωνες είτε αποστατούσαν και επανέρχονταν στην παραδοσιακή θρησκεία, είτε εγκατέλειπαν τη χώρα αναζητώντας καταφύγιο κυρίως στις Φιλιππίνες. Μέσα σε δύο μόνον έτη οι εναπομείναντες βαπτισμένοι Ιάπωνες αποστάτησαν για να γλιτώσουν τη θανατική καταδίκη, δεδομένου ότι οι περισσότεροι εξ αυτών είχαν προσχωρήσει στη νέα θρησκεία κατ’ απαίτηση κάποιων χριστιανών αρχόντων τους.